小儿外科，是国家区域医疗中心平移科室，依托国家重点专科—西安交通大学第二附属医院小儿外科。中华小儿外科学会普胸外科学组副组长李鹏教授为科室主任。并聘请郑州大学第三附属医院(河南省妇幼保健院)陈琦教授、河南科技大学第一附属医院张建丰教授为特聘专家。

科室拥有优秀的医疗团队，其中主任医师3人，副主任医师3人，主治医师2人。科室编制床位20张，目前开展儿童微创外科、儿童实体肿瘤、新生儿外科、小儿泌尿外科、小儿胸外、小儿骨科等相关疾病的诊疗工作。

在小儿外科常见疾病，如阑尾炎、腹股沟斜疝、隐睾等手术达到了“腔镜化”并逐步实行Day Care Surgery。

在国际上首次报道应用胸腔镜治疗小儿食道破裂并纵膈感染，小儿复杂腹/胸腔镜手术如直肠肛管成形、膈疝修补、胆总管囊肿根治、肺叶切除，食道裂孔疝、肾盂成形、输尿管再植气膀胱手术等；肾母细胞瘤、神经母细胞瘤、肝母细胞瘤等综合诊治疗效达到或接近国际先进水平；上尿路先天畸形包括先天性肾囊性变、重复肾重复输尿管、马蹄肾、肾盂输尿管连接部梗阻、巨输尿管症等疾病行腔镜微创手术治疗、先天性小儿尿道下裂诊疗效果达到先进水平。

科室配有先进的医疗设备: 飞利浦EPIQ 7C儿童超声、美国史塞克（Stryker）4K高清荧光腹腔镜、日本OLYPUS BFXP40型纤维支气管镜、奥林巴斯电子膀胱镜、经皮肾镜、输尿管软镜及硬镜、国内先进的电子灌肠机等。